14 июня 1938 г. арестован прямо в УФТИ, обвинен в оказании помощи врагам народа, защите коллег-ученых Л.Д. Ландау, Л.В. Шубникова, А. Вайсберга и в том, что "ввез" на работу в УФТИ иностранных ученых Ф. Хоутерманса и Ф. Ланге.
9 августа 1938 г. освобожден из тюрьмы в связи "с прекращением дела".
Продолжил работу в УФТИ научным руководителем радиоактивной лаборатории.